Cuando tenía 32 años, en 1507, su padre quiso retirarse del Arzobispado y que le sucediera Alonso III. Para soslayar la prohibición eclesiástica de que un hijo sucediera al padre, tuvo que ir a ver al papa, Alejandro VI, viajando a Roma y a Nápoles. Para resolver el problema Pedro Luis de Borja (sobrino del papa) fue nombrado sucesor por un brevísimo período, renunciando luego.